Beliau menjadi Ketua Pemuda UMNO ke-6 (Julai 1976- Januari 1977) selepas Dato Harun Idris dipecat dari UMNO.[2]Pada Julai 1976, Syed Jaafar menewaskan saingannya Mohamed Rahmat dengan majoriti besar. Ucapan sulungnya di Perhimpunan Agung UMNO 1976, menyentuh Pemuda UMNO akan menjadi Kumpulan Halia [perlu rujukan] dan beliau menjadi “bapa” Pemuda UMNO. Beliau berhadapan dengan tuntutan Pemuda UMNO agar membawa semula Harun Idris ke dalam UMNO. [perlu rujukan] Pemuda UMNO berjaya membongkar hubungan rapat beberapa pemimpin UMNO dan kerajaan dengan fahaman komunis.[perlu rujukan] Pada 14 Januari 1977, beliau meninggal dunia selepas berucap dalam majlis politik di Muar, Johor.